Asal-Usul terbentuknya Negeri Administratif  Namto tidak terlepas dari keberhasilan Program Transmigrasi pada Tahun 1993-1995 di Pulau Seram Kabupaten Maluku Tengah. Dimana saat itu Pemerintah melalui Departemen Transmigrasi melakukan Pengembangan suatu Kawasan Hutan di wilayah Negeri  Aketernate untuk dijadikan Unit Pemukiman Transmigrasi. Pengembangan Wilayah Hutan tersebut menghasilkan beberapa Unit Pemukiman Transmigrasi, yaitu Upt Tanah Merah (Neger Tanah Merah), Upt Aketernate D1 (Negeri Waimusal), dan Upt Aketernate D2 yang sekarang menjadi Negeri Namto.

Secara histori berdirinya Negeri Namto dapat diurutkan sebagai berikut :

1. Tahun 1993  Pembukaan Hutan Diwilayah Negeri Aketernate, saat itu masi Kecamatan Seram Utara, Kabupaten Maluku Tengah, untuk dijadikan Upt Aketernate D2;
2. Tahun 1994 Pelaksanaan penempatan penduduk tahap pertama, yang dilaksanakan pada tanggal 22 November 1994;
3. Tahun 1995 Penempatan Penduduk tahap akhir, dilaksanakan pada tanggal 15 Februari 1995 dengan total penduduk tahap pertama dan tahap terakhir adalah 336 Kepala Keluarga (KK) 1.216 jiwa;
4. Tahun 1996 Perubahan Setatus Upt Aketernate D2 menjadi Negeri Persiapan yang mana pada saat itu bernama Namto D2 dan dipinpin oleh seorang Pjs Kepala Pemerinta Negeri I GAN. SWEDEN ;
5. Tahun 2002 menjadi Negeri Drfinitif dan diberi Nama Negeri Administratif Namto, dimana kata Negeri merupakan sebutan sebuh desa di provinsi maluku, Administratif merupaka sebutan untuk Negeri yang dibentuk secara Definutif. Sedangkan kata Namto sendiri diambil dari Nama sungai yaitu Wae Namto. Pada tahun ini juga dilaksanakan pemilihan Kepala Pemerintah Negeri yang pertama kalinya dan yang terpilih saat itu adalah Bapak I Ketut Ridana.
6. Tahun 2010 pemekaran Kecamatan Seram Utara menjadi 3 (tiga) Kecamatan yaitu Kecamatan Seram Utara, Kecamatan Seram Utara Timur Kobi, dan Kecamatan Seram Utara Timur Seti. Setelah Pemekaran tersebut Negeri Administratif Namto sendiri masuk dalam wilayah Kecamatan Seram Utara Timur Seti.